Madrasah Tsanawiyah Negeri 5 Kulon Progo berdiri tanggal 1 Juli 1983. Berdirinya diprakarsai oleh pejabat, tokoh agama (ulama) dan tokoh masyarakat setempat, yang didorong oleh semangat Islam yang tinggi, guna menumbuhkan generasi Islam melalui jalur pendidikan formal.

Pada awalnya Madrasah ini berstatus swasta dan berlangsung sampai dengan tahun 1987. Pada tanggal 19 Maret 1987 Madrasah berubah status menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Filial Donomulyo dengan SK. No. 20/E/1987. Pada tanggal 15 Oktober 1993 Madrasah ini berubah status lagi menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Sidoharjo dengan SK Menteri Agama RI No. 244 tahun 1993.

Sesuai keputusan menteri agama No 372 tahun 2015 tanggal 18 November 2015, Nama Madrasah Tsanawiyah Negeri Sidoharjo berganti nama menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 5 Kulon Progo.